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在全基因組水平，檢測某個DNA結合蛋白的分布。

是ChIP-seq的一種替代方案，在體外重組表達轉錄因子蛋白，與基因組DNA相互作用，對與重組蛋白結合的DNA測序，分析獲得蛋白結合的基因位置，以及特異的DNA基序（motif）。由于不需要特異抗體、以DNA與蛋白質的固定，比起ChIP-seq降低了實驗的技術要求。由于是體外互作實驗，在分析時需要引入對照，并且與其他方法聯合分析。